This functions estimates the parameters of the negative binomial distribution by maximum likelihood. It is called by the functions omnibus and proprius.

intern.estim(y, offset = NULL)

Arguments

y

random variable: numeric vector of length n

offset

numeric vector of length n

Value

The function returns a list of numeric vectors.

Details

We assume the negative binomial distribution y_i ~ NB(mu,phi), where the samples are indexed by i (i=1,...,n). Our parametrisation leads to E[y]= mu and Var[y]= mu + phi*mu^2. With the an offset the model becomes y_i ~ NB(a_i*mu,phi), where the a_i are known.

References

A Rauschenberger, MA Jonker, MA van de Wiel, and RX Menezes (2016). "Testing for association between RNA-Seq and high-dimensional data", BMC Bioinformatics. 17:118. html pdf (open access)

See also

This is an internal function. The user functions are cursus, omnibus, and proprius.

Examples

set.seed(1) y <- rnbinom(n=1000,mu=10,size=1/0.2) intern.estim(y)
#> $mu #> [1] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [11] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [21] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [31] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [41] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [51] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [61] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [71] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [81] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [91] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [101] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [111] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [121] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [131] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [141] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [151] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [161] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [171] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [181] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [191] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [201] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [211] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [221] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [231] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [241] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [251] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [261] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [271] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [281] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [291] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [301] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [311] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [321] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [331] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [341] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [351] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [361] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [371] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [381] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [391] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [401] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [411] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [421] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [431] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [441] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [451] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [461] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [471] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [481] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [491] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [501] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [511] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [521] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [531] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [541] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [551] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [561] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [571] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [581] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [591] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [601] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [611] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [621] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [631] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [641] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [651] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [661] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [671] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [681] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [691] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [701] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [711] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [721] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [731] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [741] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [751] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [761] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [771] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [781] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [791] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [801] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [811] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [821] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [831] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [841] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [851] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [861] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [871] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [881] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [891] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [901] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [911] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [921] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [931] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [941] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [951] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [961] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [971] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [981] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> [991] 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 10.081 #> #> $phi #> [1] 0.207415 #>