The main function is DiffusionMap, which returns an object you can plot (plot.DiffusionMap is then called).

Examples

demo(destiny, ask = FALSE)
#> #> #> demo(destiny) #> ---- ~~~~~~~ #> #> > library(destiny) #> #> > data(guo) #> #> > Dark2 <- scales::brewer_pal(palette = 'Dark2') #> #> > palette(Dark2(8L)) #> #> > dm_guo <- DiffusionMap(guo, verbose = FALSE, #> + censor_val = 10, censor_range = c(10, 40)) #> #> > plot(dm_guo, #> + col = guo$num_cells, pch = 20)
#> #> > sigmas <- find_sigmas(guo, verbose = FALSE, #> + censor_val = 10, censor_range = c(10, 40)) #> #> > par(lwd = 3) #> #> > plot(sigmas, #> + col = palette()[[1]], #> + col_highlight = palette()[[4]], #> + col_line = palette()[[6]])
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e8 unbekannt
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e9 unbekannt
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e8 unbekannt
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟨' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <e2>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟨' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <9f>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟨' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <a8>
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e9 unbekannt
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟩' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <e2>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟩' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <9f>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟩' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <a9>
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e8 unbekannt
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e9 unbekannt
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e8 unbekannt
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟨' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <e2>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟨' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <9f>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟨' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <a8>
#> Warning: Fontmetrik ist für das Unicode-Zeichen U+27e9 unbekannt
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟩' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <e2>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟩' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <9f>
#> Warning: Konvertierungsfehler für '⟩' in 'mbcsToSbcs': Punkt ersetzt <a9>
#> #> > dm_guo_global <- DiffusionMap(guo, sigmas, verbose = FALSE, #> + censor_val = 10, censor_range = c(10, 40)) #> #> > plot(dm_guo_global, #> + col = guo$num_cells, pch = 20)
#> #> > #library(rgl) #> > #plot3d(eigenvectors(dm_guo)[, 1:3], col = guo$num_cells)