Ett bokmärke är en typ av länk med en beskrivande textsträng på panelen Bokmärken i navigeringsrutan. Varje bokmärke är kopplat till en ny vy eller sida i dokumentet. Bokmärken genereras automatiskt medan PDF-filen skapas från innehållsförteckningsposter i dokument som skapats i layoutprogram. Dessa bokmärken är ofta taggade och kan användas för att redigera i PDF-dokumentet.