KHexEdit peut copier les données comme données binaires pures ou comme texte formatté. Le texte formatté est stocké tel qu'il est affiché. Les données binaires sont envoyées au presse-papiers comme message MIME en utilisant un encodage base64. KHexEdit peut décoder ce type de message, permettant ainsi de copier et coller des données entre les fenêtres de l'éditeur de KHexEdit ou entre documents. Notez que si vous collez les données MIME encodées du presse-papiers dans un éditeur externe (tel que kwrite ou Emacs), vous verrez le message MIME et non les données binaires. Il est préférable de copier en tant que texte dans ce cas.
L'opération de copie peut se faire automatiquement chaque fois qu'une sélection a été effectuée ou reportée jusqu'à ce que l'utilisateur décide de copier (Ctrl-C au clavier ou à partir du menu édition). Ce dernier mode possède l'avantage d'éviter des opérations de copie inutiles qui peuvent prendre beaucoup de temps avec de grandes sélections. Ce comportement est une option et peut être sélectionnée dans la boîte de dialogue option.