Returns the matching indices in the data given a list of species names

Usage

findSpecies(species, fish.data = NULL, path = NULL)

Arguments

species
a list of species names as "Genus_species" or "Genus species"
fish.data
the fishbase database or a subset
path
to cached copy of fishbase (optional, defaults to copy in package).

Value

a logical vector of length(fish.data) indicating the matches, that can be used to subset the full database in calls to other functions.

Description

Returns the matching indices in the data given a list of species names

Details

underscores are removed automatically. Later versions may check names

Examples

## The distribution of maximum depth in Arctic fishes data(fishbase) data(labridtree) myfish <- findSpecies(labridtree$tip.label, fish.data) getDepth(fish.data[myfish])
shallow deep usual.shallow usual.deep Bodianus_rufus 1 70 3 70 Halichoeres_radiatus 2 55 5 45 Lachnolaimus_maximus 3 30 NA NA Scarus_iseri 3 25 NA NA Scarus_taeniopterus 2 25 NA NA Sparisoma_aurofrenatum 2 20 NA NA Sparisoma_chrysopterum 1 15 NA NA Sparisoma_rubripinne 1 15 NA NA Sparisoma_viride 3 50 NA NA Clepticus_parrae 1 40 NA NA Halichoeres_bivittatus 1 15 NA NA Halichoeres_garnoti 2 80 4 60 Halichoeres_maculipinna 2 24 NA NA Halichoeres_pictus 5 25 NA NA Halichoeres_poeyi 1 15 NA NA Xyrichtys_martinicensis 2 21 NA NA Thalassoma_bifasciatum 0 40 3 30 Cryptotomus_roseus NA 60 NA NA Sparisoma_atomarium 20 55 NA NA Sparisoma_radians 1 12 NA NA Calotomus_spinidens NA 10 NA NA Xyrichtys_novacula 1 90 NA NA Pseudojuloides_cerasinus 2 61 21 NA Halichoeres_chrysus 2 60 15 60 Halichoeres_melanurus 1 NA NA NA Halichoeres_chloropterus 0 10 NA NA Halichoeres_prosopeion 2 40 NA NA Labropsis_australis 2 55 NA NA Wetmorella_nigropinnata 1 30 NA NA Anampses_caeruleopunctatus 3 30 NA NA Anampses_meleagrides 3 60 5 50 Anampses_neoguinaicus 4 25 NA NA Anampses_geographicus NA NA NA NA Scarus_flavipectoralis 2 NA 20 NA Scarus_rivulatus NA NA NA NA Scarus_globiceps NA 12 NA NA Scarus_dimidiatus NA 12 NA NA Scarus_spinus 2 25 2 15 Scarus_schlegeli 1 50 NA NA Chlorurus_bleekeri NA NA NA NA Macropharyngodon_meleagris 0 30 0 30 Macropharyngodon_negrosensis 8 32 8 32 Coris_pictoides 9 33 NA NA Diproctacanthus_xanthurus NA NA 2 20 Labrichthys_unilineatus 0 20 NA NA Labroides_dimidiatus 1 40 1 30 Bodianus_mesothorax 5 40 5 20 Choerodon_anchorago NA 25 NA NA Bolbometopon_muricatum 1 30 NA NA Cetoscarus_bicolor 1 30 1 30 Hipposcarus_longiceps NA 40 NA NA Scarus_altipinnis NA 50 NA NA Scarus_chameleon 3 30 NA NA Scarus_frenatus 3 20 NA NA Scarus_ghobban 3 36 NA NA Scarus_niger 0 15 NA NA Scarus_oviceps 1 15 NA NA Scarus_psittacus 2 25 NA NA Chlorurus_sordidus 0 50 NA NA Pseudodax_moluccanus 3 60 4 40 Oxycheilinus_bimaculatus 2 110 NA NA Cheilinus_chlorourus 1 30 NA NA Cheilinus_fasciatus 4 60 4 40 Cheilinus_oxycephalus 1 40 NA NA Cheilinus_trilobatus 1 30 NA NA Cheilinus_undulatus 1 100 NA NA Oxycheilinus_unifasciatus 1 160 NA NA Epibulus_insidiator 1 42 NA NA Cymolutes_praetextatus NA 6 NA NA Cymolutes_torquatus NA 20 NA 6 Novaculichthys_taeniourus 3 25 NA 14 Pseudocheilinus_octotaenia 2 50 NA NA Pteragogus_cryptus 2 67 NA NA Cheilio_inermis 1 30 2 30 Coris_aygula 2 30 2 30 Coris_gaimard 1 50 NA NA Gomphosus_varius 2 30 2 30 Halichoeres_biocellatus 7 35 7 35 Halichoeres_margaritaceus 0 5 NA NA Halichoeres_marginatus 0 30 NA NA Halichoeres_scapularis 2 10 NA NA Halichoeres_trimaculatus 2 30 NA NA Hemigymnus_melapterus 1 30 5 30 Hologymnosus_annulatus NA 30 NA NA Hologymnosus_doliatus 4 35 5 30 Pseudocoris_yamashiroi NA 25 NA NA Stethojulis_bandanensis 3 30 NA NA Thalassoma_amblycephalum 1 15 1 15 Thalassoma_hardwicke 0 15 0 15 Thalassoma_jansenii 1 15 1 12 Thalassoma_lunare 1 20 1 20 Thalassoma_lutescens 1 30 1 30 Thalassoma_quinquevittatum 0 40 NA NA Thalassoma_trilobatum 0 10 NA NA Labroides_bicolor 2 40 2 20 Choerodon_schoenleinii 10 60 10 20 Halichoeres_miniatus NA NA NA NA Stethojulis_trilineata 1 20 NA NA Coris_dorsomacula 2 40 NA NA Halichoeres_nebulosus 1 40 NA NA Halichoeres_ornatissimus 4 15 NA NA Bodianus_perditio 10 NA NA NA Leptojulis_cyanopleura 4 45 NA NA Choerodon_cephalotes NA NA NA NA Halichoeres_hortulanus 1 30 1 30 Choerodon_fasciatus 5 35 5 35 Choerodon_venustus NA NA NA NA Macropharyngodon_choati NA NA 0 30 Macropharyngodon_kuiteri 5 55 10 55 Pseudolabrus_guentheri NA 20 NA NA Coris_batuensis NA NA 2 15 Halichoeres_nigrescens NA NA NA NA Chlorurus_microrhinos 1 35 NA NA