[contents0]     OpenBUGS User Manual

                     Contents


    Introduction
      Introduction to WinBUGS
      Advice for new users
      MCMC methods
   
   
Model Specification
      Graphical models
      Graphs as a formal language
      Stochastic nodes
      Logical nodes
      Arrays and indexing
      Repeated structures
      Data transformations
      Nested indexing and mixtures
      Formatting of data
      Appendix I Distributions
      Appendix II Functions and Functionals
   
   
Tutorial
      Introduction
      Specifying a model in the BUGS language
      Running a model in WinBUGS
      Monitoring parameter values
      Checking convergence
      How many iterations after convergence?
      Obtaining summaries of the posterior distribution
   
   
Advanced use of the BUGS Language
      Generic sampling distribution
      Specifying a new prior distribution
      Using pD and DIC
      Mixtures of models of different complexity
      Where the size of a set is a random quantity
      Assessing sensitivity to prior assumptions
      Modelling unknown denominators
      Handling unbalanced datasets
      Use of the "cut" function
   
   
Tips and Troubleshooting
      Restrictions when modelling
      Some error messages
      Some Trap messages
      The program hangs
      Speeding up sampling
      Improving convergence
   
   
DoodleBUGS: The Doodle Editor
      General properties
      Creating a node
      Selecting a node
      Deleting a node
      Moving a node
      Creating a plate
      Selecting a plate
      Deleting a plate
      Moving a plate
      Resizing a plate
      Creating an edge
      Deleting an edge
      Moving a Doodle
      Resizing a Doodle
   
   
Scripting and ClassicBUGS
   
   
Compound Documents
      What is a compound document?
      Working with compound documents
      Editing compound documents
      Compound documents and e-mail
      Printing compound documents
      Reading in plain text files
      
   
The File Menu
      General properties
      New
      Open...
      Open Stationary...
      Save...
      Save As...
      Save Copy As...
      Close
      Page Setup...
      Print...
      Exit
      
   
The Edit Menu
      General properties
      Undo
      Redo
      Cut
      Copy
      Paste
      Delete
      Copy Properties
      Paste Properties
      Paste Object
      Paste Special...
      Paste to Window
      Insert Object...
      Object Properties...
      Object
      Select Document
      Select All
      Select Next Object
      Preferences...
      
   
The Attributes Menu
      General properties
      Weight
      Fixed Size...
      Size...
      Fixed Color
      Color...
      Default Font
      Font...
      Typeface...
      
   
The Tools Menu
      General properties
      Document Size...
      Insert OLE Object...
      Insert Header
      Create Link
      Create Target
      Create Fold
      Expand All
      Collapse All
      Fold...
      Encode Document
      Encode Selection
      Encode File...
      Encode File List
      Decode
      About Encoded Material
      
   
The Text Menu
      General properties
      Find/Replace...
      Find Again
      Find Previous
      Find First
      Find Last
      Shift Left
      Shift Right
      Insert Paragraph
      Insert Ruler
      Insert-Soft-Hyphen
      Insert Non-Brk-Hyphen
      Insert Non-Brk-Space
      Insert Digit Space
      Show/Hide Marks
      Make Default Attributes
      Make Default Ruler
   
   
The Info Menu
      General properties
      Open Log
      Clear Log
      Node info...
      Uninitialized nodes
      Updaters by name
      Updaters by depth
      Modules

   
The Model Menu
      General properties
      Specification...
      Update...
      Save State
      Random number generator...
      Script
      Pretty printing
      Latex
      Input / Output options...
      Compile options...
      Updater options...
      Externalize
      Internalize
   
   
The Inference Menu
      General properties
      Samples...
      Compare...
      Correlations...
      Summary...
      Rank...
      DIC...
      
   
The Examples Menu
   
   
The Manuals Menu
   
   
The Help Menu
   
   
WinBUGS Graphics
      General properties
      Margins
      Axis Bounds
      Titles
      All Plots
      Fonts
      Specific properties (via Special)
      Density plot
      Box plot
      Caterpillar plot
      Model fit plot
      Scatterplot
   
   
References