Généralement, lors de l'impression d'un document PDF contenant des calques, seul le contenu visible à l'écran est imprimé. Toutefois, l'auteur d'un tel fichier PDF peut choisir les calques qui doivent ou non être imprimés (filigranes, informations confidentielles), indépendamment de leur visibilité à l'écran. Si l'impression spécifiée du document diffère de l'affichage à l'écran, un message s'affiche dans la boîte de dialogue d'impression. L'aperçu disponible dans la boîte de dialogue d'impression affiche toujours la page destinée à l'impression.